Fabuła Godzilli nie należy do skomplikowanych, wpisuje się bowiem w znany schemat monster movie. W wyniku testów nuklearnych przeprowadzanych na Oceanie Pacyficznym napromieniowane zostaje prehistoryczne monstrum, które przez miliony lat żyło w niszy ekologicznej na głębokich wodach w pobliżu wyspy Odo. Ataki, których dopuszcza się na kilka statków i wioskę rybacką, skłaniają władze do wysłania na Odo grupy badawczej pod przewodnictwem paleontologa, dr Yamane (Takashi Shimura). Na miejscu ekipa odkrywa, że teren został napromieniowany, a w chwilę później ich oczom ukazuje się potwór. Rząd podejmuje decyzję unicestwienia Godzilli, co spotyka się ze sprzeciwem Yamane, który uważa, że bestia powinna zostać zbadana, by dowiedzieć się, co sprawiło, że przeżyła tak silną dawkę promieniowania. Godzilla dwukrotnie sieje spustoszenie w Tokio, uzmysławiając wszystkim, że Japońskie Siły Samoobrony nie są w stanie uporać się z zagrożeniem. Jedyną nadzieją dla Japonii jest technologia „Niszczyciela Tlenu”, opracowana przez dr Serizawę (Akihiko Hirata). Ten jednak jest niechętny jej upublicznieniu, obawia się bowiem, że zostanie ona wykorzystana przez polityków jako broń masowego rażenia. Naukowiec daje się w końcu przekonać, niszczy jednak wszystkie notatki, a po unicestwieniu Godzilli popełnia samobójstwo, by jego wynalazek nie mógł już nigdy zostać użyty.
Akihiko Hirata jako dr Serizawa
Owa prostota fabularna, połączona z towarzyszącym seansowi odczuciu, że w filmie tkwi więcej, niż widać na pierwszy rzut oka, sprawia, że Godzilla podatny jest na szereg czasem komplementarnych, czasem przeciwstawnych interpretacji. Choć mutacja popromienna stanowiła popularny lejtmotyw kina science fiction lat 50. – by wymienić tylko Bestię z głębokości 20.000 sążni (The Beast from 20,000 Fathoms, 1953), Potwora z głębi oceanu (Monster from the Ocean Floor, 1954), One! (Them!, 1954), To przyszło z głębin morza (It Came from Beneath the Sea, 1955), Atak potwornych krabów (Attack of the Crab Monsters, 1957) – Godzilla znacznie różni się do swych amerykańskich poprzedników i następców. O ile większości z nich wątek atomowy pełnił jedynie funkcję MacGuffina inicjującego strukturę fabularną filmu, o tyle w Godzilli stanowił on jego centralny element oraz podstawę do szerzej zakrojonej refleksji nad bronią nuklearną. Co więcej, jego wymowa diametralnie odbiega od tej zawartej w Bestii z głębokości 20.000 sążni czy To przybyło z głębin morza, w których receptą na atomowe zagrożenie, symbolizowane przez potwora, jest zastosowanie silniejszej broni[1]. Godzilla tymczasem, miast legitymizować atomowy wyścig zbrojeń, stanowczo mu się sprzeciwia.